Многие заключенные Майданека умерли в лагере вследствие тяжелых условий содержания – болезней, голода, холода, тяжелой работы и истощения. Немало узников погибло от побоев охраны. Другие были убиты во время массовых акций уничтожения – их расстреливали или отправляли в газовые камеры. Большинство погибших в газовой камере были евреями. Некоторых отправляли в газовые камеры сразу по прибытии. В этом смысле Майданек действовал как лагерь уничтожения.Таким образом, несмотря на то, что Майданек был не только лагерем уничтожения, но в первую очередь концентрационным лагерем, уничтожение в нем евреев было частью операции «Рейнхард» и прекратилось в 1943 году вместе со свертыванием всей операции.

В конце 1943 года немцы приняли решение о необходимости истребить последних оставшихся в живых еврейских узников Майданека, а также тех, кто оставался в трудовых лагерях Травники и Понятова. Эта акция получила кодовое название операция «Эрнтфест» – «Праздник уборки урожая». Решение об операции было принято после волны восстаний еврейских узников в Варшавском гетто и в лагерях Треблинка и Собибор. Она носила характер военной операции и была проведена одновременно во всех лагерях рядом с Люблином, таким образом, узники трудовых лагерей оказались неподготовленными к сопротивлению. В Майданеке на утренней поверке 3 ноября 1943 года евреев отделили от остальных заключенных. Затем их увели во рвы, вырытые рядом с южной оградой лагеря несколькими днями ранее, и расстреляли. Из репродукторов доносились громкие звуки танцевальной музыки, заглушавшие выстрелы.В июле 1944 года, в преддверии советского летнего наступления, лагерь был ликвидирован, а здание главного крематория сожжено. Однако в спешке отступления не были уничтожены сам крематорий, газовая камера, бараки заключенных и большая часть документов.